Трудовое право

Здравствуйте! У нас сложная ситуация.
Так, 03.07.13г. работница самовольно , без приказа и оплаты отпуска улетает в отпуск (то, что она улетела стало известно потом). По графику приказом мы предоставляем ей отпуск с 16.07.по 04.09.2013г., шлем уведомления работнице на дом о даче объяснений отсутствия на рабочем месте, составляем акты и ждем. 20.08.13г. работница приходит в офис с вопросом «когда мне выходить на работу?», мы даем ей приказ от 16.07.13г. на отпуск с 16.07 по 04.09.13г. с оплатой проезда в отпуск. Работница расписывается и помечает «не согласна», уходит и отдыхает по приказу до 04.09.13г.
05.09.13г. работница к обеду приходит в офис с вопросом «мне выходить на работу?», тогда как она уже должна была с утра выйти, мы даем ей приказ от 05.09.13г. на увольнение за прогулы в период с 03.07. по 15.07.13г. В приказе расписывается, пишет «не согласна» и обращается в суд о признании приказа об увольнении не законным, 10.10.13г. утверждается мировое соглашение: истица отказывается от своих требований, а ответчик меняет запись в трудовой книжке на «по собственному» с выдачей новой трудовой.
Затем, 11.11.13г. обращается в суд за взысканием стоимости проезда в отпуск, до подачи искового заявления по оплате проезда, к работодателю не поступило ни одного заявления об оплате стоимости проезда, подлинники проездных не представлены, авансовый отчет не сдан. И только 13.11.13г. заказным письмом к работодателю приходит заявление с просьбой оплатить проезд и прикладывает просто копии проездных билетов.
Ситуация для нас сложная, помогите разобраться. Работодатель ведь еще и не нарушил право работника на оплату проезда, заявление об оплате проезда в глаза увидел после назначения дела к судебному разбирательству, а она уже обратилась в суд (как быть с исчислением трехмесячного срока для обращения?) тем самым нарушила сроки обращения в суд. Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора, не связанного с увольнением, в течение трех месяцев (ч. 1 ст. 392 ТК РФ). Этот срок исчисляется с момента, когда работник узнал или должен был узнать о нарушении своего права.
А когда произошло нарушение права работника? Получается, что у работника еще не возникло право для обращения в суд и судья должен отказать? Помогите советом и подскажите как отстоять права работодателя. Какими доводами оперировать. Суд 17.12.2013г.
Очень благодарны.
Анжела Ю. Оберемок г. Южно-Сахалинск